Las nuevas salas judiciales de la Corte Suprema de Justicia estarán conformadas por nueve magistrados. La subsala de Instrucción estará conformada por tres magistrados y la subsala de primera instancia por seis. Es uno de los cambios que se introdujo dentro del proyecto de doble instancia que pasará a la plenaria del Senado. 

Se establece asimismo que los miembros de estas subsalas deberán cumplir los mismos requisitos para ser magistrados de la Corte Suprema de Justicia, el régimen aplicable para su elección será el establecido para los magistrados de la Corte Suprema de Justicia para periodos de seis años. 

Los magistrados de las subsalas solo tendrán competencia para conocer de manera exclusiva de los asuntos de instrucción y juzgamiento en primera instancia en las condiciones que lo establezca la ley. El reglamento de la Corte Suprema de Justicia no podrá asignar a las subsalas el conocimiento y la decisión de los asuntos que correspondan a la Sala Penal.

Se contempla que los magistrados de las subsalas no podrán conocer de asuntos administrativos, ni electorales de la Corte Suprema de Justicia ni harán parte de la Sala Plena.

De los delitos que cometan los congresistas, la Corte Suprema de Justicia conocerá en forma privativa, y ésta será la única autoridad que podrá ordenar su detención. En caso de flagrante delito deberán ser aprehendidos y puestos inmediatamente a disposición de la misma corporación. Corresponderá a la Subsala Penal de Instrucción de la Corte Suprema de Justicia investigar y acusar ante la Subsala de Primera Instancia de la misma corporación a los miembros del Congreso por los delitos cometidos. 

Contra las sentencias que profiera la Subsala de Primera Instancia de la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia procederá el recurso de apelación. Su conocimiento corresponderá a la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia. La primera condena podrá ser impugnada.

La Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia estará conformada por subsalas que garanticen en el caso de los aforados constitucionales la separación de la instrucción y el juzgamiento, la doble instancia de la sentencia y el derecho a la impugnación de la primera condena.

Dentro del desarrollo de la ponencia,  el coordinador de ponentes acudió a la Corte Suprema de Justicia para dialogar y recibir recomendaciones del señor Presidente de la Sala de Casación Penal. Se propuso por el señor Presidente de la Comisión Primera del Senado y el coordinador de ponentes una mesa de trabajo con los señores ponentes, el señor Presidente de la Sala de Casación Penal de la Corte Suprema de Justicia, el señor Fiscal General de la Nación y los señores ministros del Interior, de Justicia y del Derecho.

Sobre este tema, el ministro de Justicia, Enrique Gil Botero, manifestó que es una necesidad inaplazable la consagración de la doble instancia para los aforados constitucionales, no solo frente al sistema interamericano sino, igualmente, frente a la Corte Constitucional y el sistema nacional. Recalca que la doble instancia es un derecho universal y que, de acuerdo con el señor Presidente de la Sala de Casación Penal de la Corte Suprema de Justicia, que la arquitectura es lo de menos, que bien se puede adoptar el proyecto inicial o el proyecto que trae las modificaciones propuestas por el senador Eduardo Enríquez Maya.

Dejó una advertencia sobre la revisión que la Corte Interamericana en el inmediato futuro se pronunciará sobre la inobservancia de la doble instancia y que sería posible la revisión de sentencias con las consecuencias que se pueden desprender de estas.