Tres subsalas para estudiar las solicitudes de sometimiento de terceros civiles y agentes del Estado distintos a la Fuerza Pública creo la Jurisdicción Especial para la Paz, con el fin de decidir si estas ingresan o no a esta justicia. 

En ese sentido, aunque los casos serán investigados individualmente, la JEP agrupó los 916 casos, en seis grupos de acuerdo con sus particularidades: Civiles reclutadores o intervención en ejecuciones extrajudiciales; políticos; Farc; Departamento Administrativo de Seguridad (DAS); Autodefensas Unidas de Colombia (Auc) y finalmente otros terceros. 

Dentro del macrocaso de las AUC se encuentran el Bloque Norte, Córdoba y Urabá, Héroes de los Montes de María, Campesinas del Casanare, Central Bolívar, Metro y Héroes de Granada, Catatumbo, Camila, Centauros, Élmer Cárdenas, Vencedores de Arauca y Pinpintá.

Por esta razón, la Jurisdicción priorizó algunos de estos grupos y crearon tres subsalas para estudiarlos. La subsala A, del Bloque Norte; Subsala B, de las Autodenfensas Unidas de Córdoba y Urabá, y Subsala C, sobre el patrón de macrocriminalidad de ejecuciones extrajudiciales con intervención de civiles.

Otras estructuras criminales como las Farc, el extinto DAS y paramilitarismo serán incluidos en nuevas subsalas que serán creadas por otros magistrados, cuando estos puedan entrar a apoyar la tarea de la Sala de Definición de Situaciones Jurídicas.