En la Constitución de 1991, en su artículo 174, se aforaron varios altos funcionarios públicos para su juzgamiento ante la Corte Suprema de Justicia; en el caso concreto de los congresistas, además, se dijo que la investigación le correspondería también a la misma Corte Suprema. El fuero se traduce en un juez especial, de la mayor jerarquía, a fin de que el proceso se adelante con plenas garantías de independencia, tanto para la sociedad, como para los aforados. En ese entonces, en Colombia, estábamos bajo el manto del proceso penal inquisitivo, y no había inconveniente en ese sistema, en que el instructor fuese el mismo sentenciador. La ley 600 del año 2000 reguló este procedimiento.

Vino la reforma por Acto Legislativo 03 del 2000, cambiando el sistema penal al acusatorio, donde no puede ser el investigador quien luego adelante la etapa del juicio. Investiga la Fiscalía y los jueces hacen el juzgamiento. Se dio plazo para entrar en vigencia hasta 31 de diciembre de 2008. Fue necesario un nuevo procedimiento para este sistema, que está contenido en la ley 906 de 2004, que impera para todos los colombianos, excepto para los aforados que siguen bajo el sistema anterior.

El primer intento de solucionar esta diferencia no deseable fue por el acto legislativo 01 de 2016, que creó salas de instrucción y de primera instancia al interior de la Corte Suprema, generando un farragoso intrincado de salas, de diferente naturaleza y poder, que complicó la situación en su interior, con un entramado poco deseable. Sin embargo, no corrigió la excepcionalidad del sistema para los congresistas aforados, que continúan en el viejo sistema inquisitivo de la ley 600 del 2000.

Se presenta ahora una demanda de exequibilidad que se presta a definir la Corte Constitucional, para que se elimine la diferencia de sistemas y todos queden bajo el sistema acusatorio. La demanda pide eliminar el sistema inquisitivo, tanto para congresistas como para magistrados, se pide que los congresistas sigan siendo investigados por la Sala de Instrucción de la Corte Suprema de Justicia, pero no bajo el modelo inquisitivo, sino bajo el sistema penal acusatorio (Ley 906 de 2004) que rige para el resto de los colombianos. Ya hay ponencia favorable, pero se han presentado algunos impedimentos que habrá que tramitar, pues algunos magistrados tienen procesos ante la Comisión de Acusaciones del Congreso que se verían afectados con la decisión.

Todo indica que se impondrá el sistema acusatorio no obstante la inconformidad manifestada por la Procuraduría y la misma Fiscalía, con lo cual se dará protagonismo al ente investigador, la sala de instrucción respectiva, quien podrá o no formular cargos conforme al sistema acogido. Otra cirugía reconstructiva para la Corte Suprema.  A lo mejor lo más conveniente hubiera sido que los parlamentarios se juzgaran en primera instancia por los Tribunales Superiores de Distrito, en segunda en la Corte Suprema y la Fiscalía fuese el ente acusador. Lo que se viene haciendo, sin duda, sustituye la Constitución.