La Contraloría General señaló varias deficiencias por parte de la administración del municipio en el manejo de los recursos del Sistema General de Participaciones.
La Contraloría a través de la Gerencia Colegiada Departamental del Cauca, evaluó el manejo de los recursos transferidos a este municipio, vigencia 2012, correspondientes al Sistema General de Participación y estableció 40 hallazgos administrativos, de los cuales 6 tienen alcance fiscal en cuantía de $406 millones y otros 30 tienen posible alcance disciplinario. Otros dos hallazgos tienen otras posibles incidencias.
Finalizada la Auditoría, se concluyó que el municipio de Guapi no cumple con las políticas públicas en materia de calidad educativa, salud pública, saneamiento básico, alimentación escolar y primera infancia. Además, no dispone de indicadores que permitan conocer el impacto producido en la población objetivo, vulnerando sus derechos fundamentales e incumpliendo con los fines esenciales del Estado.
El municipio de Guapi obtuvo una calificación desfavorable en los temas de control de gestión, resultados y legalidad. Así mismo, la CGR conceptuó que sus mecanismos de control interno se ubican en el rango de ineficiente.
Se pudo verificar falta de ejecución de los recursos de Educación en $1.254.485.273, Salud Pública en $85.937.483, Primera Infancia por $160.5736.973, Alimentación Escolar por $241.112.478 y Saneamiento Básico y Agua Potable por $461.842.830, durante la vigencia 2012.
Según información presupuestal para dicha vigencia, los recursos del SGP en el municipio de Guapi ascendieron a $12.092.306.646, de los cuales correspondieron a Salud $5.275.512.334; Educación $2.360.509.398; Propósito General $2.354.941.736; Agua Potable y Saneamiento Básico $1.940.026.647; Primera Infancia $160.576.973 y Alimentación Escolar $450.739.558.
Un hecho relevante es que al municipio le han sido embargados recursos que ascienden a $1.500.059.508 de las cuentas del Sistema General de Participaciones, sin que se evidencien acciones jurídicas de parte de la Administración Municipal en la recuperación de estos recursos.