La Contraloría, a través de la Unidad de Investigaciones Especiales Contra la corrupción, ordenó la apertura de dos procesos de responsabilidad fiscal, en contra de algunos coordinadores y funcionarios del Grupo Administrador del Fondo para la Reparación de Víctimas, al establecer la existencia de daño patrimonial ocasionado al Ministerio de Hacienda y Crédito Público, uno por $15.284 millones y otro por $872.427.331.

Estas aperturas de proceso se generan por las presuntas irregularidades encontradas en la administración y monetización de los bienes entregados por los desmovilizados de los grupos armados, dentro del marco de la ley de Justicia y Paz, a través de los cuales se generan los dineros para el pago de las reparaciones integrales reconocidas mediante sentencia judicial, a todas las víctimas del conflicto armado en el país.   
 
Entre las presuntas irregularidades en la administración y monetización de los bienes entregados al Fondo de Reparación de Víctimas están el no cobro de los cánones de arriendo, permitir por descuido, el deterioro de los bienes hasta llevarlos a ruina o amenaza de ruina. 

Efectuar la venta de bienes por debajo de los precios del mercado, por una indebida administración y producción de los bienes destinados a las actividades agrícolas y forestales, y por mantener bienes en el paso del tiempo, sin ningún sistema de administración, entre otros.