Un texto de Mon Luca Aidan Badir coloca en entredicho el discurso de “la opresión indígena realizada por los españoles”. Resumiéndolo, la tesis sostiene que la mayoría indígena luchó al lado de los realistas durante la Guerra de Independencia pues querían defender las leyes y derechos que les había otorgado la Corona Española, y sabían que si se imponía la voluntad de los independentistas los privilegios serían abolidos, como efectivamente ocurrió.

¿Como es posible que si España los oprimía los indígenas lucharan a su lado? La respuesta es irónica: no estaban realmente oprimidos, sino que además tenían leyes y derechos que les ponían por encima de los demás ciudadanos en estas tierras.

En uno y otro bando se alinearon gentes de las distintas capas de la sociedad colonial: hubo españoles patriotas y criollos realistas; y hubo indígenas, negros y mulatos patriotas y realistas. Pero los miembros de los grupos étnicos, más activos políticamente, mostraron propensión a alinearse con los realistas. Preferían seguir sujetos a un rey lejano y paternalista que desde el comienzo los había declarado "vasallos libres".

La congregación forzada de los indígenas en pueblos regidos por el cura, el cacique, el cabildo y el corregidor, y dotados de resguardos comunitarios se constituyó en el soporte económico del sistema virreinal, además del origen de nuevas identidades e intereses tutelados por la monarquía y garantizados por las Leyes de Indias. Las “Reales Audiencias” tenían como uno de sus principales deberes la protección de los indios.

En contraste, la alternativa ofrecida por nuestros independentistas resultaba no solo incierta sino también amenazante para los indígenas puesto que aquellos habían promovido la abolición de los resguardos, los cabildos y los pueblos de indios bajo el argumento de la “igualdad ciudadana” originado en la Revolución Francesa.

Exceptuando a Cartagena, las provincias caribeñas de la Nueva Granada fueron proclives a mantener el régimen monárquico. Desde 1813 el gobierno realista de Santa Marta afrontó permanentes asedios de los ejércitos insurgentes de Cartagena y Santafé que en más de una ocasión fueron rechazados gracias al apoyo de los indios. Fue tan importante esta ayuda que en 1816 el gobierno español nombró capitán de los reales ejércitos al cacique de Mamatoco.

En la región andina, la mayoría de los pueblos indígenas se declararon leales a la causa del rey, principalmente los de las provincias de Tunja y Cundinamarca. Pero indudablemente fue Pasto el más fiel a la monarquía. Entre1809 y 1823 los pastusos, con el apoyo de los 21 pueblos de indios de alrededor de la ciudad constituyeron el bastión realista más obstinado, enfrentándose primero a los quiteños, luego a los caleños y poco después al ejército santafereño de Antonio Nariño.

Años después, lo harían con el libertador durante la Campaña del Sur y en 1823 comandados por Agustín Agualongo, se encararon a Bolívar en Ibarra, y a Tomás Cipriano de Mosquera en Barbacoas. Es decir, cuando ya todo el Nuevo Reino de Granada y la Presidencia de Quito estaban en manos de los patriotas, en Pasto seguía tremolando la bandera española proclamando al rey Fernando como “El Deseado”.