Sergio Fajardo presentó recusación al contralor General de la Nación retrasando así el fallo de responsabilidad fiscal de Hidroituango. 

De acuerdo con la petición de Fajardo, en el proceso fiscal hubo "vulneración al principio de imparcialidad objetiva y de neutralidad".

La  misiva dice "Esta no es una recusación para apartar al señor contralor del proceso UCC-PRF-014-2019, pues el señor contralor no es competente para adoptar la decisión de fondo en el caso. Sin embargo, sí es competente para resolver la recusación presentada contra la contralora Delegada Intersectorial No 9 de la Unidad de Investigaciones Especiales contra la Corrupción y los miembros de la Sala Fiscal y Sancionatoria de la Contraloría General de la República, y sobre esa decisión versa esta recusación". 

De acuerdo con Sergio Fajardo, el contralor Carlos Felipe Córdoba ha manifestado de manera pública su posición de respaldo al fallo, al proceso y a los funcionarios que llevan dicho proceso. En este sentido considera que por este concepto queda impedido de resolver de manera imparcial la recusación.

En este sentido hace referencia al recurso presentado por María Eugenia Ramos Villa, el cual fue rechazado. 

"Más aún cuando dicha recusación cuestiona la independencia e imparcialidad estructural de la Contraloría General de la República y la posición institucional que dicha entidad ha asumido a favor de un fallo que aún no se encuentra en firme", añadió la petición.