José Ismael Peña se posesionó como rector de la Universidad Nacional, sin embargo, su acto de posesión no contó con la firma de la ministra de Educación, Aurora Vergara Figueroa, como es requerido por ley. La ceremonia se llevó a cabo ante un notario en Bogotá, en la Notaría 14 del circuito de la ciudad, y contó con la presencia de varios testigos y representantes de la universidad.
El rector justificó su toma de posesión argumentando que el Consejo Superior Universitario respaldó mayoritariamente su designación el pasado 21 de marzo. Sin embargo, esta falta de firma ministerial ha generado un intenso debate en la comunidad académica y ha suscitado dudas sobre la legitimidad de su mandato.
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Desde el Ministerio de Educación, se indica que la primera versión del acta enviada por la Universidad Nacional carecía de la transparencia necesaria, al no detallar adecuadamente las intervenciones de los consejeros. Tras solicitar más información, la universidad presentó un nuevo documento que aún no ha logrado satisfacer las exigencias del Ministerio.
Esta situación plantea una tensión entre la institución educativa y el Ministerio de Educación, dejando en entredicho la validez y estabilidad de la posesión de Peña como rector de la Universidad Nacional.
Es importante destacar que la elección de José Ismael Peña como rector de la Universidad Nacional ha generado controversia, ya que derrotó a Leopoldo Múnera, el candidato respaldado por el Presidente de la República, en la disputa por el cargo en la institución educativa más destacada del país. Estas discrepancias resultaron en la declaración de desobediencia civil por parte de Múnera y en un paro de actividades iniciado por un grupo de estudiantes, el cual ha escalado a acciones violentas como la ocupación de la sede de la Rectoría.