Rafael Núñez, quizás el mejor “estadista de Colombia, sigue provocando ardientes discusiones académicas. Cuando se le menciona, surge un huracán de controversias en el terreno ideológico. Nadie tiene tanto poder en lo intelectual como el historiador. Dios no puede cambiar la historia, pero el historiador si puede modificarla. ¿Por qué? Pues si los hechos son inalterables, la interpretación puede ser cambiante. Yo soy uno de los tantos colombianos que leo con pasión y aprovecho los libros y los estudios de Daniel Samper Pizano. Y aunque comparto multitud de sus audaces teorías, actitudes, crítica y custionamientos, expreso mi desacuerdo con algunos planteamientos, apoyado en sólidos argumentos.
Daniel Samper Pizano difiere de numerosísimos historiadores en que se documenta férreamente, pero expone puntos de vista originales, desconocidos y de inmensa controversia. En otros historiadores encuentra uno a veces poca elaboración conceptual, pobre contenido filosófico, metodología precaria y rudimentaria, tenaz supervivencia de los grandes nudos historiográficos, relegación de problemas fundamentales y lento y tortuoso desarrollo del análisis.
No solo Daniel Samper Pizano. Los más respetables historiadores liberales y conservadores se han ocupado de Rafael Núñez. ¿Qué no han dicho de este pensador colosal? Que fue materialista, espiritualista, íntimo de Obando, José Hilario López y de Caro y Martínez Silva. Apoyó los excesos de Mosquera y puso en práctica ideas conservadoras. Entregó las armas del Ejército liberal a los conservadores Canal y Casabianca para derrotar al liberalismo. Agonizante le dijo al obispo Biffi: “No’ no puedo confesarme, si lo hiciera tendría que decir que perdono a mis enemigos y eso no lo haría jamás...”
Una de las afirmaciones más contudentes de Daniel Samper -Camas y Famas- contra Núñez es que fue culpable del dominio de La Regeneración durante casi un siglo. Esto, según Daniel Samper, significó atraso, estancamiento y frustración. Para empezar, en 16 años de República liberal, siguió intacta la Constitución del 86 en lo sustancial. Ni siquiera la reforma del 91 modificó lo esencial de éste estatuto. El presidente sigue siendo un “Monarca”, se habla de departamentos y no de estados soberanos, se acabaron los códigos y ejércitos regionales”. Causó sorpresa que los radicales criticaran el matrimonio civil, instaurado por ellos, realizado entre Núñez y Soledad Román. Los radicales en sus catastróficos gobiernos tuvieron 13 guerras civiles y 28 revoluciones. En periodos de dos años ningún gobierno alcanzaba a construir nada. Gerardo Molina dice que el conservatismo en La Regeneración mantuvo el peso colombiano a la par del dólar.
En la Regeneración cogobernaron Rafael Uribe, Olaya Herrera y los próceres liberales.